Файлы без stem (.env, .gitignore, .npmrc) давали FileDedupKey="", и
findWithinFolderDuplicates/findCrossFolderDuplicates считали их одной
группой дублей и удаляли лишние. Пустой ключ больше не образует группу.
OnlyOffice allows duplicate stem|ext in the same folder; agents hit this
via projects files upload and put-md without --folder. Default all upload
paths to replace-by-stem, add no-clobber via --no-replace, and scan
projectFolder in dedupe.
Co-authored-by: Cursor <cursoragent@cursor.com>